Цистеаминот хидрохлорид може да се користи при изработка на козметика, додаток на добиточна храна, анти-улцеративен лек, може да се примени и при изработка на биохемиски реагенс и комплексен агенс на тешки јони на месл. Може да реагира со ензим на човечкото тело и да ја стабилизира неговата ефикасност кога постои зрачење, па затоа може да се користи при лекување на синдром на зрачење и отров на тетраетил олово. Може да се направи таблети или инјекции.