Л-цистеинот главно се користи во медицината, козметиката, биохемиските истражувања; се користи во лебни материјали за промовирање на формирање глутен и промовирање на ферментација, мувла и спречување на стареење. Се користи во природни сокови за да се спречи оксидацијата на витамин Ц и да се спречи кафеавиот сок. Производот има ефект на детоксикација, може да се користи за труење со акрилонитрил, ароматична ацидоза.