Л-цистеинот главно се користи во медицината, козметиката, биохемиските истражувања; се користи во лебни материјали за промовирање на формирање глутен и промовирање на ферментација, мувла и спречување на стареење. Се користи во природни сокови за да се спречи оксидацијата на витамин Ц и да се спречи кафеавиот сок. Производот има ефект на детоксикација, може да се користи за труење со акрилонитрил, ароматична ацидоза.
Ацетилцистеин, исто така познат како N-ацетилцистеин или N-ацетил-L-цистеин (NAC), е лек што се користи за лекување на предозирање и за олабавување на густа слуз, како што е во цистична фиброза или хронично опструктивно белодробно заболување.