Ензимски препаратисе добиени од организми и генерално се побезбедни и може да се користат во соодветни количини според потребите на производството. Постојат три големи групи на микроорганизми кои произведуваатензимски препарати: филаментозни габи, квасеци и бактерии, главно користејќи добри воздушни бактерии. Видовите и употребата на неколку главни индустриски ензими се како што следува:
(1) Амилази
Амилазата хидролизира скроб за да произведе тестенини малто-олигосахариди и малтоза. Главно се произведува со потопена ферментација на Bacillus subtilis и Bacillus licheniformis од родот Bacillus, а вториот произведува термостабилни ензими. Покрај тоа, тој се произведува и од потопени и полу-цврсти ферментација со соеви на Aspergillus и Rhizopus, што е погодно за преработка на храна. Амилазата главно се користи за правење шеќер, затемнување на текстил, преработка на суровина и ферментација и преработка на храна. Глукоамилазата може да го хидролизира скробот во гликоза, која сега речиси сите ја произведува Aspergillus niger потопена ферментација за производство на шеќер, производство на алкохол, преработка на суровина со ферментација итн.
(2) Протеаза
Најкористените соеви и сорти на производство. Користете Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus и Bacillus subtilis за производство на бактериска протеаза со потопена ферментација; користете Streptomyces и Aspergillus потопена ферментација за да се произведе неутрална протеаза и протеаза на киселина Aspergillus за депилација на кожа, омекнување на крзно, аптека и прехранбена индустрија; Некои бактерии од родот Мукор се подложуваат на полу-цврста ферментација за производство на рен, кој го заменува сирената првично извлечена од телето стомак во производството на сирење.
(3) Гликозна изомераза
Разновидност што брзо се разви во 70-тите години на минатиот век. Прво, потопената ферментација се користи за добивање на клетки на Streptomyces. По имобилизација, растворот на гликоза се претвора во сируп кој содржи околу 50% фруктоза. Овој сируп може да се користи во прехранбената индустрија наместо сахароза. Користењето на амилаза, глукоамилаза и глукоза изомераза за производство на фруктозен сируп од пченкарен скроб стана една од новите индустрии на шеќер.